Theo trang mạng của công ty trước đây, Phương Nam thành lập tháng 8/1998 với số vốn đầu tư 17 triệu USD (gần 360 tỷ đồng), tổng công suất năm 2010 đạt 11.000 tấn. Thị trường xuất khẩu chủ yếu của Phương Nam là Mỹ, Nhật, EU, Canada và Trung Đông. Trong đó Mỹ chiếm hơn 50%. Doanh thu năm 2010 của công ty này vào khoảng 120 triệu USD. Theo Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (Vasep), đến năm 2011 Công ty Phương Nam có giá trị xuất khẩu đạt trên 74 triệu USD.[6]

Trong hoạt động kinh doanh từ năm 2008 đến 30.9.2013, Công ty Phương Nam đã vay nợ tại các tổ chức tín dụng và thiếu nợ rất lớn; nợ càng ngày càng tăng và kết quả kinh doanh hằng năm đều lỗ nên mất khả năng thanh toán các khoản vay. Nhưng để kéo dài hoạt động cũng như có tiền sử dụng cho mục đích cá nhân, từ năm 2008 - 2010, ông Khuân đã chỉ đạo thuộc cấp thực hiện nhiều hành vi gian dối để vay được tiền của các NH. Cụ thể như lập báo cáo tài chính khống, kết quả kinh doanh hằng năm đều có lãi và nộp thuế đầy đủ, lập báo cáo nâng khống hàng tồn kho từ 123 tỷ đồng lên hơn 774 tỷ đồng để thế chấp cho 5 NH cùng một lúc, sau đó sử dụng vốn sai mục đích và chiếm đoạt sử dụng cá nhân.[7] Ông Khuân được xác định chiếm đoạt của các ngân hàng 785 tỷ đồng. Cơ quan điều tra đang truy nã ông và con gái.[3]